Sacsayhuamán fue considerada durante mucho tiempo como una fortaleza destinada a proteger el Cuzco de cualquier ataque, con sus tres cercas de muros ciclópeos. Posteriormente se ha ido reconsiderando esta tesis, atribuyéndosele más bien carácter de templo solar, aunque también haya sido empleada con fines militares, como durante la rebelión de Manco Inca.