En Mayo de 2000 se volvió a presentar Alberto Fujimori para su tercer mandato con, como principal oponente Alejandro Toledo, economista. Ante los fraudes constatados en la primera vuelta, el candidato de oposición llamó al pueblo al boicot. Fujimori fue reelegido y retomó el poder el 28 de Julio. Poco tiempo después, unos casetes vídeo fueron revelados, mostrando el brazo derecho del presidente, Vladimiro Montesinos, entregando dinero a unos congresistas contra algunos favores políticos. Eso puso en duda todo el poder en vigencia y Fujimori se vioobligado, por el pueblo y la presión internacional, a hacer nuevas elecciones.

Ante una presión cada vez más fuerte, Fujimori fugó al Japón. El presidente del congreso, Valentín Paniagua, se convirtió entonces en presidente de la república interino y estableció la fecha de las nuevas elecciones para el 8 de Abril de 2001. Alejandro Toledo se volvió a presentar por supuesto, con como principal oponente Alan García, presidente de 1985 a 1990 , perseguido por la justicia por haber desviado los fondos del país, exiliado en Francia luego en Colombia. Toledo obtuvo 36% de los votos contra 24% para García. La segunda vuelta se realizó el 3 junio.